3 · Principal component analysis (exercises) — source
A. Stamm 
This page shows the source file of the exercise below. Use the button to download it as a plain file and run it in your own workspace.
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title: "PCA - Exercises"
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```hli
#| label: setup
#| include: false
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
knitr::opts_chunk$set(comment = NA)
library(tidyverse)
library(DT)
library(FactoMineR)
library(factoextra)
library(corrplot)
library(viridis)
html_table <- function(x, offset = 5) {
DT::datatable(
data = x,
rownames = TRUE,
options = list(
scrollX = TRUE,
searching = FALSE,
lengthMenu = c(0, 5, 10, 15) + offset
)
)
}
```
## Le jeu de données `temperature.csv`
Cette base contient:
- les enregistrements des températures des capitales européennes de Janvier à Décembre
- les coordonnées GPS de chaque ville
- amplitude thermale : Différence entre les températures maximales et minimales
- moyenne annuelle
- une variable qualitative : la direction (S, N, O, E).
Exécuter une PCA pour dégager des profils type de température et quelles villes les suivent.
## Le jeu de données `chicken.csv`
- Description : 43 poulets ayant subis 6 régimes : régime normal (N), Jeûne pendant 16h (F16), Jeûne pendant 16h et puis se réalimenter pendant 5h (F16R5), (F16R16), (F48), (F48R24)
- Variables : Après le régime, on a effectué une analyse des gènes utilisant une puce ADN : 7407 expressions de gènes.
- Objectif : Voir si les gènes s’expriment différemment selon le niveau de stress. Combien de temps faut-il au poulet pour revenir à la situation normale ?
## Le jeu de données `orange.csv`
Six jus d'orange de fabriquants différents ont été évalués.
Toutes les variables sont-elles indisensables ?
Y a-t-il des jus qui se dégagent comme particulièrement bons ? mauvais ?